Deșeurile medicale sunt clasificate în mai multe categorii:
Deșeuri anatomo-patologice: țesuturi și fluide umane (părți anatomice, material biopsic etc.);
Deșeuri infecțioase: materiale care conțin sau au venit în contact cu sângele ori alte fluide biologice, precum și virusuri, bacterii, paraziți sau toxine ale microorganismelor etc. Exemple: seringi, ace, catetere, perfuzoare cu tubulatură, mănuși, pansamente, comprese, pungi, membrane de dializă, sonde, recipiente care au conținut sânge sau alte fluide biologice;
Deșeuri înțepătoare-tăiose: ace, seringi, catetere, lame de bisturiu de unică folosință, branule, sticlărie de laborator venită în contact cu material infecțios;
Deșeuri chimice periculoase: compuși toxici, inflamabili sau corozivi, compuși genotoxici (ex. formaldehida), substanțe chimice fotografice (hidrochinonă, hidroxid de potasiu, glutaraldehidă, acid acetic), solvenți halogenați (clorură de metilen, cloroform, tricloretilenă) și nehalogenați (xilină, metanol, toluen, acetonă, izopropanol, etilacetat, acrilonitril), resturi de medicamente genotoxice etc.
Deșeuri chimice nepericuloase: aminoacizi, săruri organice și anorganice, uleiuri de la pompele de vacuum etc.
Deșeuri farmaceutice: seruri și vaccinuri cu termenele de valabilitate depășite, medicamente expirate, reziduuri de substanțe utilizate în chimioterapie, reactivi și substanțe folosite în laboratoare.